Kormoran czarny podlega częściowej ochronie w większości krajów europejskich, na mocy konwencji z dnia 19 września 1979 r. o ochronie dzikiej flory i fauny europejskiej oraz ich siedlisk - Konwencji Berneńskiej (Dz. U. z 1996 r. Nr 58, poz. 263).
W Polsce ptaki te, zgodnie z załącznikiem nr 2 do rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dz. U z 2016 r, poz.2183), objęte są ochroną częściową. Zgodnie z § 7 wyżej wymienionego rozporządzenia w odniesieniu do gatunków objętych ochroną częściową obowiązuje szereg zakazów, m.in. umyślnego zabijania, umyślnego płoszenia i niepokojenia. Zgodnie z art. 56 ust. 4 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2020 r. poz. 55 ze zm.) Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska może wydać zezwolenie na odstępstwo od wyżej wymienionych zakazów w odniesieniu do zwierząt objętych ochroną w przypadku braku rozwiązań alternatywnych, jeżeli nie spowoduje to zagrożenia dla dziko występującej populacji chronionych gatunków zwierząt oraz gdy zostanie spełniona jedna z przesłanek wymienionych w art. 56 ust. 4 pkt 1-8 ustawy o ochronie przyrody m.in. gdy dane czynności wynikają z konieczności ograniczenia poważnych szkód w gospodarce, w szczególności rolnej, leśnej lub rybackiej.
Gwałtowne zwiększanie liczebności kormoranów powoduje szkody w rybactwie
i negatywnie oddziałuje na możliwości rozwoju i prowadzenia gospodarki rybackiej. Kormorany przyczyniają się ponadto do obciążania ekosystemów również lądowych, powodując m.in. zamieranie drzew i degradację gleby.
Jedną z metod walki z kormoranami jest utrudnianie kormoranom dostępu do wody, np. poprzez pokrycie stawów siatką. Płoszenie przez częste patrolowanie jest najbardziej efektywne na mniejszych stawach. Żeby uzyskać trwały efekt musi być często powtarzane i w długim okresie. Płoszenie akustyczne jest mało skuteczne.
Niestety prawo polskie nie przewiduje odszkodowań za szkody wyrządzone przez te ptaki. Obecnie zgodnie z art. 126 ustawy o ochronie przyrody Skarb Państwa odpowiada za szkody wyrządzone przez: żubry, wilki, rysie, niedźwiedzie i bobry w gospodarstwach rolnych, leśnych i rybackich. Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska może wydać zezwolenie na odstępstwo w przypadku kormoranów w pierwszej kolejności na płoszenie, a jeżeli wystąpią znaczne szkody w gospodarce wówczas na ewentualną redukcję populacji poprzez odstrzał.
Powyższe odstępstwo może być wydane w przypadku braku rozwiązań alternatywnych, jeżeli czynności, których dotyczy zarządzenie, nie są szkodliwe dla zachowania we właściwym stanie ochrony dziko występujących populacji gatunków objętych zarządzeniem oraz leży to w interesie zdrowia lub bezpieczeństwa powszechnego lub w przypadku kormorana czarnego oraz czapli siwej - wynika to z konieczności ograniczenia poważnych szkód w odniesieniu do lasów, rybostanu lub wody.